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播放時間為4月3日起,今次TV動畫版將進行重新改編和整合,總共兩季推出!
高達UC故事背景設定在在第二次新吉翁戰爭、別名『馬沙的逆襲』終結後,地球圈取得了短暫的和平。這之後3年,宇宙世紀0096年。在工業殖民地『工業7號』上進行了一項秘密交涉。和地球聯邦政府有秘密協議,並依此發展的『畢斯特財團』打算將過去用以威脅聯邦的最高機密『拉普拉斯之盒』交給新吉翁的殘黨軍『帶袖的』。
另一方面,在亞納海姆工業專門學校就讀的少年巴納吉·林克斯遇見了自稱為奧黛麗·伯恩的少女。奧黛麗為了制止新的戰爭爆發,必須阻止『拉普拉斯之盒』的交易。巴納吉在數次幫助奧黛麗之後,逐漸被她所吸引。
隨後,地球聯邦察覺了這起交易,並進行軍事介入,工業殖民地隨即化為一片火海。巴納吉和同伴一邊避難一邊尋找著奧黛麗,而出現在他面前的是畢斯特財團的當家卡帝亞斯·畢斯特。奄奄一息的卡帝亞斯將身世的秘密告訴了巴納吉,並且將盒之鑰匙--『RX-0 獨角獸高達』託付給他。
隨後,一場圍繞『拉普拉斯之盒』的戰爭開始了。