《真人快打9》既遊戲故事係緊接第八代《真人快打：末日戰場》之後既劇情，但時空背景會返去最初既一、二、三代故事發生時候。故事主線會由雷神開始，就係Shao Kahn要殺死佢既一刻，佢向過去既自己（一代）傳遞左一個訊息。接著既故事就會返去​​一代既時空，雷神會嘗試去了解自己所接收到既異象同埋訊息，避免一連串將會招致大毀滅既事件發生，因為咁今次既故事背景雖然回歸返去前三代，但故事劇情就會有好大幅度既變化。