由於是模擬器，存檔功能非常自由，與遊戲內的存檔實現脫鉤，也就是說你可在任意進度、任意位置保存。當然，這種保存有一定的不可靠性，和遊戲內自帶存檔點不可同日而語。另外，存檔佔用的空間通常也比較大。
事實上，此前桌面版Citra已經上線了自由存檔功能，只是移植到手機端花費了相當多精力。另外，新版本也修復了不少BUG，並改善了軟件的穩定性和可靠性。
